"Zümrütname" (Yapı Kredi Yayınları, 1999)
"Hasan Ali Yücel ve Türk Aydınlanması" (TÜBİTAK Yayınları, 2001)
"Zümrüt Ayna: Bilimsel Düşünce Üzerine Denemeler" (Yapı Kredi Yayınları, 2003)
"Yaşamın evrimi fikrinin Darwin döneminin sonuna kadarki kısa tarihi" (İstanbul Teknik Üniversitesi Yayınları, 2004)

"99 Sayfada İstanbul Depremi" (İş Bankası Kültür Yayınları, 2006)
"Bilgiyle Sohbet - Popüler Bilim Yazıları" (İş Bankası Kültür Yayınları, 2014)
"Dahi Diktatör" (Ka Kitap, 2014)
"Aptalı Tanımak" (Ka Kitap, 2015)
"Newton Neden Türk Değildi?" (Ka Kitap, 2015)
"Bir Toplum Nasıl İntihar Eder?" (Ka Kitap, 2016)
"Cehennemdeki Üniversiteliler" (Ka Kitap, 2016)